Depois de uma carreira de 15 anos como jogador, João Vargas iniciou a sua atividade como treinador no ano de 2005, entrando na Academia do Sporting CP no ano de 2009, trabalhado com vários escalões na condição de treinador-adjunto e assumindo a condição de treinador principal, na mesma academia, no ano de 2015.
Na época 2020/21, foi treinador principal da equipa de SUB-23 da Belenenses SAD e em 2021/22, desempenhou funções como treinador-adjunto na equipa principal do Moreirense FC.
Ao mister, desejamos as maiores felicidades de #ConventoAoPeito